Ο Μιχαήλ Σακελλαρίου γεννήθηκε στην Πάτρα το 1912 και ήταν γιος του Βασιλείου Σακελλαρίου. Βαφτίστηκε με το όνομα Μιχαήλ-Ανδρέας. Ήταν παντρεμένος με την αρχαιολόγο Αγνή Ξενάκη. Ήταν εγγονός του δημοσιογράφου και διδάκτορα της Νομικής Μιχαήλ Σακελλαρίου καθώς και απόγονος του Γεωργίου Λογοθέτη Λυκούργου από την πλευρά της γιαγιάς του, Μαρίας Λυκούργου, το γένος Μαργέλου.
Το 1928 εισήχθη στη Φιλοσοφική Σχολή Αθηνών. Ήταν δημοτικιστής. Ήταν βοηθός των Ν. Α. Βέη και Γ. Αναγνωστόπουλου. Τον Δεκέμβριο του 1933 πήρε το πτυχίο του με βαθμό «άριστα». To 1934 ο Σωκράτης Κουγέας πρότεινε τον Μ. Σακελλαρίου για βοηθό του στο Ιστορικό Σπουδαστήριο της Φιλοσοφικής Αθηνών, όμως απορρίφθηκε ενώ ήταν μελετητής και ιστοριογράφος του νέου Ελληνισμού. Το 1946 μετέβη στο Λονδίνο και στο Public Record Office και φωτογράφησε βρετανικές προξενικές εκθέσεις του 16ου, 17ου και 18ου αιώνα που τις δώρισε στην Ακαδημία Αθηνών. Διετέλεσε κοσμήτορας της Φιλοσοφικής Σχολής (1965-1966), αντιπρόεδρος του Δ.Σ. του Κρατικού θεάτρου Βορείου Ελλάδος (1964-1967), πρόεδρος της Association Lyonnaise d’ Etudes Anciennes (1974), πρόεδρος της Ελληνικής Επιτροπής Ιστορικών Επιστημών (1978-1985), μέλος της Διεθνούς Επιτροπής Ιστορικών Επιστημών (1978-1985), ιδρυτής και διευθυντής του Κέντρου Ελληνικής και Ρωμαϊκής Αρχαιότητος στο Εθνικό Ίδρυμα Ερευνών (1979-1992), μέλος του Δ.Σ. του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών (1992-1995), πρόεδρος του Ιδρύματος Ελληνικού Πολιτισμού (1993-1995), επίσης εκ των συνδιευθυντών του δεύτερου τόμου της Ιστορίας της Ανθρωπότητας της UNESCO. Διετέλεσε πρόεδρος του Κέντρου Μικρασιατικών Σπουδών, μέλος της Accademia dei Lincei και αντεπιστέλλον μέλος της Accademia Pontaniana και της Academie des Incriptions et Belles Lettres. Είχε ασχοληθεί για πολλά χρόνια με άλλους συνεργάτες με την συγγραφή της Ιστορίας του Ελληνικού Έθνους (ΙΕΕ). Λίγο πριν το θάνατό του δημοσιεύθηκε η μνημειώδης πραγματεία του για τον πρόγονό του Λογοθέτη Λυκούργο, με τον τίτλο: «Ἕνας συνταγματικὸς δημοκράτης ἡγέτης κατὰ τὴν Ἐπανάσταση τοῦ ’21. Ὁ Γ. Λογοθέτης Λυκοῦργος τῆς Σάμου (1772-1850)».
Η διατριβή του Σακελλαρίου
Έγραψε ιστορικές μελέτες όπως «Η Πελοπόννησος κατά την δευτέραν Τουρκοκρατίαν», η οποία υποβλήθηκε ως εναίσιμος διδακτορική διατριβή στη Φιλοσοφική Αθηνών,στις 15 Ιανουαρίου 1937, αλλά τελικώς απερρίφθη με την αιτιολογία ότι ήταν επηρεασμένη από τον ιστορικό υλισμό και ότι ο συγγραφέας της έκανε χρήση δημογραφικών και οικονομικών στοιχείων. Ο Μιχαήλ Βολονάκης απέρριψε τη διατριβή με βάση την ορθή χρήση της ιστορικής μεθόδου, τη χρήση και έλεγχο των πηγών, την σαφήνεια της έκφρασης. Ο καθηγητής Χατζής από την μεριά του τον μέμφθηκε για κομμουνίζοντα επειδή παρέπεμπε στους Κορδάτο και Βλαχογιάννη. Ο Νικόλαος Βέης με τη σειρά του την εγκωμίασε ως μία των εξοχωτέρων διατριβών των όσων εγράφησαν περί της Πελοποννήσου κατά τον 18ο αιώνα. Ο Νικόλαος Εξαρχόπουλος διατύπωσε ένσταση περί του ελέγχου των πολιτικών φρονημάτων του Σακελλαρίου. Τελικά υπέρ της απόρριψής της ψήφισαν οι Χατζής, Κουκουλές, Οικονόμος, Βολονάκης, Λογοθέτης, Πεζόπουλος, Σκάσσης, Εξαρχόπουλος, Βορέας και ο κοσμήτωρ Αρβανιτόπουλος. Υπέρ της απόσυρσης και της επανυποβολής της οι Βέης, Άμαντος, Κουγέας. Ο Άμαντος ζήτησε να ξαναγραφτεί προκειμένου να τονισθούν οι εθνικοί παράγοντες συμφώνως προς το πνεύμα της Σχολής.
Σε κάθε περίπτωση μία από τις συμβολές της εργασίας αυτής ήταν η κατάρριψη της μαρξιστικής άποψης περί ύπαρξης συγκροτημένης αστικής τάξης προεπαναστατικώς. Με τη δημοσίευσή του στα 1939 έθεσε το θέμα της καλλιέργειας των οθωμανικών σπουδών στην Ελλάδα ως αναγκαία προϋπόθεση της μελέτης της περιόδου της τουρκοκρατίας.
Ο Μιχαήλ Β. Σακελλαρίου, διαυγής πάντοτε, σε μεγάλη ηλικία δήλωσε τα εξής: «Ημουν 37-38 χρόνων όταν άρχισα να γράφω Αρχαία Ιστορία, άρχισα μια νέα σταδιοδρομία στο εξωτερικό, ενώ την εμφάνισή μου στη Νέα Ιστορία την είχα κάνει στην Ελλάδα όταν ήμουν 25 χρόνων». Εννοούσε φυσικά την προαναφερθείσα εικονοκλαστική διδακτορική του διατριβή «Η Πελοπόννησος κατά την δευτέραν τουρκοκρατίαν (1715 – 1821)», στην οποία εφάρμοσε το ιστοριογραφικό μοντέλο του Μπέλοχ και η οποία πυροδότησε έναν αβυσσαλέο πόλεμο εναντίον του, ο οποίος τον ανάγκασε να εγκαταλείψει την Ιστορία του Νέου Ελληνισμού και να στραφεί στην Αρχαία Ιστορία.
Το «δυσμενές κλίμα» σε βάρος του είχε δημιουργηθεί νωρίτερα, όταν «τόλμησε» να δημοσιεύσει κάτι στη δημοτική στη «Νέα Εστία» (Το τέλος της επαναστάσεως της Σάμου, 1934). Ο γλωσσαμύντωρ καθηγητής Εμμανουήλ Πεπελούζος μάλιστα παρουσίασε, σε μια συνεδρίαση, το τεύχος του περιοδικού κρατώντας το με ένα τσιμπιδάκι «ίνα μη μιανθώ!». Η πλειοψηφία των καθηγητών της Φιλοσοφικής Σχολής αποτελούσε το μέρος μιας ευρύτερης ομάδας που συνέχεε τον δημοτικισμό με τον κομμουνισμό, χρησιμοποιώντας μάλιστα τον όρο «μαλλιαροκομμουνισμός». Υπήρχαν και αλλού καθαρευουσιάνοι «αλλά εκείνοι ήταν οι πιο φανατικοί» όπως σημείωσε ο Μιχαήλ Β. Σακελλαρίου, «αμαθείς, κακόβουλοι και διώκτες των μη «ημετέρων»».
Επιπλέον η ιδέα που είχαν περί «ιστορικού υλισμού» ήταν εξωπραγματική, η διατριβή του ιδίου δεν είχε καμία σχέση με αυτόν, αντιθέτως είχε καταλήξει σε συμπέρασμα αντίθετο με του Γιάννη Κορδάτου (1891 – 1961) ως προς τη φύση της Ελληνικής Επανάστασης. «Πριν από την «Πελοπόννησο» η μεν παραδοσιακή ελληνική ιστοριογραφία δεν είχε ούτε κατ’ ελάχιστον αντιμετωπίσει θέματα οικονομίας, η δε μαρξίζουσα περιοριζόταν σε γενικότητες και αυτές μη στηριζόμενες σε δεδομένα αντλούμενα πάντοτε από πηγές. Ο Γιάννης Κορδάτος υπήρξε πάρα πολύ βιαστικός, ήταν πολιτικός. Η πολιτική πρόθεση ήταν πάρα πολύ εμφανής στο έργο του, πάρα πολύ επίμονη. Και με λίγα και σημειωτέον λανθασμένα στοιχεία απεφάνθη ότι η Ελληνική Επανάσταση ήταν αστική απάνω στο πρότυπο της Γαλλίας» –σύμφωνα πάντως με τη συνολική εκτίμηση του Μιχαήλ Β. Σακελλαρίου, ο οποίος επικαλέστηκε μεταγενέστερες μελέτες του, «ήταν εθνική επανάσταση».
Σε συνέντευξή του στο «Βήμα» λίγο πριν τον θάνατό του, με αφορμή την εν εξελίξει κρίση, είπε ότι πρόκειται για «μια κρίση βαθιά» που «έφθασε ως το κόκαλο» και παρέπεμψε σε κάτι που είχε γράψει παλαιότερα: «Συχνά λέγεται ότι εμείς οι Ελληνες έχουμε βραχεία ιστορική μνήμη. Επιβάλλεται να προσθέσουμε ότι γνωρίζουμε πολύ επιπόλαια τη σύγχρονη Ιστορία μας και πολύ λίγο ή λανθασμένα τον κόσμο που μας περιβάλλει. Αυτά τα μειονεκτήματα μας οδήγησαν πολλές φορές σε σφάλματα και ακόμη περισσότερες φορές μας προξένησαν απογοητεύσεις. Ενας μικρός λαός δεν έχει περιθώρια για μεγάλα σφάλματα. Και ένας λαός που κάνει μεγάλα σφάλματα από άγνοια, απροσεξία, έλλειψη παρασκευής και προνοητικότητας είναι ασυγχώρητος».
