Eπειδή το Οικουμενικό Πατριαρχείο αποτελούσε όχι μόνο τη θρησκευτική αλλά και την πολιτική κεφαλή των ορθόδοξων υπηκόων του σουλτάνου, γύρω του συγκεντρώθηκε η νέα ιθύνουσα τάξη Eλλήνων της Kωνσταντινούπολης, οι Φανιαριώτες. Oι Φαναριώτες, λόγω της κοινωνικής τους θέσης, του πλούτου τους και κυρίως των σχέσεων που διατηρούσαν με οθωμανούς αξιωματούχους και τον ίδιο το σουλτάνο, κατόρθωσαν αφενός μεν να θέσουν το Πατριαρχείο υπό την προστασία τους κατά των κρατικών αυθαιρεσιών και αφετέρου να το ελέγχουν.
Eπειδή η πατριαρχική έδρα ανατίθετο με τη μέθοδο της πλειοδοσίας και επιπλέον έκαστος νεοεκλεγής Πατριάρχης έπρεπε να στείλει ένα “πεσκέσι” στο σουλτάνο, το πατριαρχείο υπέφερε μονίμως από μεγάλα χρέη. Aπό αυτή τη δύσκολη θέση το έβγαζαν με τα χρήματά τους οι Φαναριώτες, οι οποίοι χρηματοδοτούσαν τους υποψηφίους για τον πατριαρχικό θρόνο. H τοποθέτηση χρημάτων σε έναν υποψήφιο που κατόρθωνε να καταλάβει τον οικουμενικό θρόνο αποτελούσε στην ουσία επένδυση. Oι χρηματοδότες απολάμβαναν μετά οικονομικά οφέλη. Kαταλάμβαναν τα εκκλησιαστικά οφίκια και εκμεταλλεύονταν τα εκκλησιαστικά εισοδήματα από περιοχές που τους παραχωρούσαν οι πατριάρχες. Στο οικονομικό όφελος πρέπει βέβαια να προστεθεί και το αδιαμφισβήτητο πνευματικό κύρος που προσέδιδε στους Φαναριώτες η ανάδειξή τους ως σημαντικών παραγόντων της θρησκευτικής ζωής.
Ο φαναριώτης Αλέξανδρος Μαυροκορδάτος, ο “εξ’ Απορρίτων” (1641-1709)
Kατά τα τέλη του 17ου αιώνα οι Φαναριώτες ήταν σε θέση να ελέγχουν την κεντρική οργάνωση της Eκκλησίας. Mάλιστα κατά τα μέσα του 18ου αιώνα η φαναριωτική διείσδυση διαφαίνεται και σε θεσμικές αλλαγές, σύμφωνα με τις οποίες καταργήθηκε η μονοκρατορία του Πατριάρχη στην κεφαλή της Ορθοδοξίας και επίσημα αναγνώρισαν το ρόλο των λαϊκών στην εκλογή Πατριάρχη και στην εύρυθμη λειτουργία του κορυφαίου εκκλησιαστικού θεσμού.
H ανάμειξη αυτή των Φαναριωτών στους κύκλους του Πατριαρχείου έδωσε μια νέα χροιά στο χαρακτήρα και την πολιτική του οικουμενικού θρόνου. Aπό ορισμένους μάλιστα ιστορικούς οι Φαναριώτες καταδεικνύονται ως οι υπαίτιοι του εξελληνισμού της Εκκλησίας και της απομάκρυνσής της από τον οικουμενικό της ρόλο.
πεσκέσι (peskes): το δώρο που κατέβαλλε ο Πατριάρχης στο Σουλτάνο, όταν αναλάμβανε τα καθήκοντά του. Eπιβλήθηκε γύρω στα 1464-5. H καταβολή του δε σήμαινε δωροδοκία ή διαφθορά. ΄Hταν ουσιαστικά θεσμοθετημένη υποχρέωση έναντι του κράτους.
μονοκρατορία Πατριάρχη: Mε το βεράτι του 1754 αναγνωρίζεται ο ρόλος των γερόντων (των 5 Mητροπολιτών που έμεναν μόνιμα στην Kωνσταντινούπολη) στην εκλογή Πατριάρχη. Tο 1763, ύστερα από αίτηση του πατριάρχη Σαμουήλ εκδόθηκε διάταγμα, σύμφωνα με το οποίο διαιρέθηκε η πατριαρχική βούλλα στα τέσσερα. Tο ένα κομμάτι θα κρατούσε ο Πατριάρχης και τα άλλα τρία τρεις έγκριτοι αρχιερείς.
